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2006年以来，按照《规划纲要》提出的指导思想和部署的重点任务，中央政府各部门以及各地方出台了一批指导意见和实施细则。2012年中共中央、国务院颁发《关于深化科技体制改革 加快国家创新体系建设的意见》（中发[2012]6号文），重申2020年基本建成适应社会主义市场经济体制、符合科技发展规律的中国特色国家创新体系。中发6号文突出了确定企业为技术创新主体的主要目标，并提出了具体的任务。2013年国务院发布《关于强化企业技术创新主体地位 全面提升企业创新能力的意见》(国办发[2013]8号文)，明确要求以深入实施国家技术创新工程为重要抓手，全面提升企业技术创新能力，支撑创新驱动战略实施和创新型国家建设。2016年，中共中央、国务院印发《国家创新驱动发展战略纲要》,提出实现创新驱动是一个系统性的变革，国家创新体系建设的目标是要建设各类创新主体协同互动和创新要素顺畅流动、高效配置的生态系统，形成创新驱动发展的实践载体、制度安排和环境保障。通过创新体系的构建实现创新方式的转变。《创新驱动发展战略》明确提出我国到2050年建成世界科技创新强国“三步走”的战略目标。近年来，国家创新体系建设的重点工作有：（1）在创新主体和创新平台建设方面，提出强化国家战略科技力量，建设综合性国际科学中心。2016年5月，国务院《“十三五”国家科技创新规划》提出“加大持续稳定支持力度，开展具有重大引领作用的跨学科、大协同的创新攻关，打造体现国家意志、具有世界一流水平、引领发展的重要战略科技力量”。2017年，“十九大”报告中强调“加强国家创新体系建设，强化战略科技力量”。2021年3月通过的《十四个五年规划和2035年远景目标纲要（草案）》，提出“以国家战略性需求为导向推进创新体系优化组合，加快构建以国家实验室为引领的战略科技力量”。2016年2月1日，国家发改委、科技部批复《上海张江综合性国家科学中心建设方案》，张江地区成为国内首个综合性国家科学中心。2017年1月国家发展改革委和科技部联合批复了合肥综合性国家科学中心建设方案。2017年6月，国家发改委、科技部联合批复《北京怀柔综合性国家科学中心建设方案》。同时，各部门、地方加快支持各类创新平台和新型研发机构（技术创新中心、工程中心、产业研究院、实验室等）；（2）创新资源配置。2020年《中共中央 国务院关于新时代加快完善社会主义市场经济体制的意见》提出:“构建社会主义市场经济条件下关键核心技术攻关新型举国体制，使国家科研资源进一步聚焦重点领域、重点项目、重点单位。健全鼓励支持基础研究、原始创新的体制机制，在重要领域适度超前布局建设国家重大科技基础设施，研究建立重大科技基础设施建设运营多元投入机制，支持民营企业参与关键领域核心技术创新攻关。建立健全应对重大公共事件科研储备和支持体系。改革完善中央财政科技计划形成机制和组织实施机制，更多支持企业承担科研任务，激励企业加大研发投入，提高科技创新绩效”；（3）创新环境建设。关于科研诚信和科技伦理治理建设，中共中央办公厅和国务院办公厅先后联合印发了《关于进一步加强科研诚信建设的若干意见》（2018-05-30）和《关于加强科技伦理治理的意见》（2022-03-20）。2021年12月24日，第二次修订的《中华人民共和国科技进步法》通过全国人大常委会表决通过，自2022年1月1日起施行。
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